私の友人にデスクトップにうじゃうじゃとアイコンが並んでいる奴がいますが、初めて見た時には「新しい壁紙？」と思ったくらい派手でした。
これも、人それぞれ癖というか特徴というか、デスクトップにズラズラとアイコンを並べるのが好きな人と、徹底的にアイコンを削除していく人と別れますね。
私は後者のタイプですけど。リソースの消費を抑える意味でもデスクトップはすっきりさせておいたほうがよろしいかと思います。
さて、質問にお答えいたしますが、アイコンが消えることは起こり得ます。
ダブルクリックの苦手な人がよくやることなんですが、クリックする際にアイコンを移動させてしまう場合があります。これが、たまたまフォルダの近くにあった日には一瞬のうちに消えてしまいます。しかし慌てずにフォルダを開けてみてください。その中にファイル(アイコン)が１つ紛れて鎮座しております。
ちょうど最近同じようなことがありまして、慌てた口調でお客さんから電話がかかってきました。
「いつも画面にあったアイコンが消えた!!」
「ゴミ箱開けてください」
「あれ？なんでこんなとこに有るんだ？」
ショートカット以外からもファイルが開けるよう勉強しておきましょう。